一种双波长交替调Q激光器及其激光输出方法,所述激光器包括泵浦源、调Q元件和顺序布置的前腔镜、激光增益介质、偏振元件和后腔镜,所述泵浦源采用侧面或端面泵浦方式,所述偏振元件和后腔镜之间依次布置有用于将光按波长分开排列的分光模块、用于控制输出光偏振态的偏振控制元件和用于选择输出光波长的波长选择模块,所述波长选择模块的入射端和出射端分别为入射偏振分光镜和出射偏振分光镜,波长选择模块的第一子腔和第二子腔共用入射偏振分光镜和出射偏振分光镜,且第一子腔和第二子腔均包括波长选择孔。该激光器输出激光脉冲具有激光波长及双波长间距可调谐等特点,可实现双波长完美同轴可控快速交替变化的调Q激光脉冲输出。