本发明公开了一种多样本微生物污染快速筛拣的方法,该方法结合ATP生物荧光能量法和现代生物芯片技术实现快速与特异检测,先借助ATP生物荧光检测方法快速敏感的优势,完成大样本的筛查,然后利用生物芯片技术对细菌总量超标的小样本集合进行有害微生物的鉴定和分型。以弥补了ATP荧光检测法对目标微生物特异型的不足和生物芯片在检测通量上的不足,缩短检测时间,本发明采用二者在检测信号和反应机理的相似性,从而可以使活微生物自身ATP荧光和生物芯片作用过程中产生荧光用同一套微光检测装置完成,提高了检测效率和降低检测成本。可直接用于公共卫生、食品安全、环境检测、健康工程等领域的微生物现场快速检测,特别是应对突发公共事件有重要意义。