本实用新型公开了一种应用于船舶压载水处理的水锤冲击波脉动系统,包括压载舱和处理室,所述压载舱依次通过离心泵、旋流分离器、调节阀与处理室进口连接,处理室出口一路通过冲击阀与压载舱连接,处理室出口另一路通过弹簧单向阀和第一储能罐与处理室进口连接。本实用新型的一种应用于船舶压载水处理的水锤冲击波脉动系统,通过连续的水锤造成压力脉动,将其应用于船舶压载水消毒,可以有效降低成本,而且节能,同时又由于脉动效应,当系统内压力冲击波转变成负相(低压力)时,会发生水力空化效应,可以产生足够大的能量杀死压载水中的微生物和细菌,完成船舶压载水的处理过程。