本发明公开了一种抗菌鞋垫基材及其制备方法,属于无纺行业领域。所述抗菌鞋垫基材由抗菌纤维、吸湿导湿性纤维和尼龙纤维组成。所述抗菌鞋垫基材的制备方法包括:制备上层纤网和下层纤网,上层纤网由抗菌纤维、再生纤维素纤维和尼龙纤维组成,作为抗菌吸湿层,下层纤网由超吸水纤维和尼龙纤维组成,作为吸湿耐磨层;采用针刺机将上层纤网和下层纤网进行初步加固,得到复合纤网;将复合纤网经过缝编加固和烘箱定型,制成抗菌鞋垫基材。本发明提供的抗菌鞋垫基材的制备方法利用了改性腈纶纤维的抗菌性、超吸水纤维的吸湿性以及缝编加固长丝的热熔加固性、机械方法复合的牢固性和通透性,制得的鞋垫具有抗菌除臭功能同时,具有良好的吸湿性和透气性。