本发明公开了一种平流层飞艇并联式温度控制系统及控制方法,所述控制系统包括并联的第一温度控制子系统和第二温度控制子系统;第一温度控制子系统包括高压气罐,安装于飞艇机舱内并与相关设备联接或接近的冷板,安装于飞艇机舱内的换热器,靠近换热器的第一风扇,连通高压气罐与冷板并将气体引出机舱的第一管路,以及连通高压气罐与换热器并将气体引出机舱的第二管路;第二温度控制子系统包括风机,连通风机与冷板并将气体引出机舱的第三管路,设置于机舱内相关设备上方的出风装置,以及连通出风装置与风机的第四管路。本发明耗电量较少、质量轻、对管路的密封性要求相对较低;能防止飞艇在极热天气低空时单一冷源不能满足制冷需求的不利影响。