本发明公开了一种高效船用海水源热泵空调系统及其控制方法。所述系统由海水回路、制冷剂回路、热回收回路及电控箱组成,通过工作模式的转换,实现夏季制冷,冬季制热。所述方法是当船舶航行时,充分利用船舶排至环境的余热预热低温海水;当船舶锚泊时,利用燃油锅炉预热低温海水,实现船用海水源热泵空调系统在低温海域或锚泊时正常或高效运行。本发明不但解决了常规船用海水源热泵空调系统不能全天候、全海域运行的技术屏障,同时通过有效回收利用船舶排至环境的余热,进一步提高船舶能量的利用率,实现低能耗、低排放和高能效的船舶空调系统。