本发明公开一种水声扩频通信对抗系统,包括圆柱形外壳及分别封装在外壳中的浮力调制器、电源、电子设备、换能器;浮力调制器设于外壳内腔的最上方,用于保持系统在水中基本呈竖直状态,并使系统保持在预定深度上;换能器接收水声信号辐射干扰信号,将接收到的信号送入电子设备;电子设备将接收到的目标信号进行数据处理,采集特征值,产生最佳干扰信号。此系统可在对直扩信号准确检测、参数估计和解扩的基础上,采用相干干扰方式,以最小的功率达到有效干扰的目的,克服现有器材的不足和空缺。本发明还公开一种基于前述系统的水声扩频通信对抗方法。