本发明公开了一种SSR扩增产物非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳方法及装置,本装置用三块玻璃板采用3夹2的夹心式组合方式,将分离胶同时倒入三块玻璃板之间形成的两个夹层之间,一次灌胶可以制成两块分离胶版。由于两块带有方形缺口的玻璃板凹下的尺寸不同,形成凝胶后两个胶版的点样孔的高度不同,点样时不容易发生错误,避免应该点在一个胶版上的样品错误的点到另外一个胶版上。本发明一次灌胶可以同时制作两块胶版,配胶、灌胶过程和常规的一次只能灌一块胶相比工作效率提高30%以上。在后续的固定、染色、定影、显影过程中,一次处理的胶版数量较常规方法增加,总体可以节省电极缓冲液、显影液、染色液、固定液等用量30%左右。