本发明公开了一种高亲和力树枝状硼酸功能化磁性微球的制备及其应用。该材料表面含有高密度的硼酸基团,能对富含顺式二羟基的生物分子产生多价协同结合,从而显著提高结合力。该材料对糖蛋白的解离常数为10-5~10-6M,与通常的硼酸功能化材料比较结合力提高了3-4个数量级,并且能富集浓度低至2×10-14M的糖蛋白。此外该材料还具有抗干扰能力强,结合容量高,结合/解析速度快等优点。由于该材料具有磁性,通过施加外磁场可以方便地对样品进行处理。本发明的高亲和力树枝状硼酸功能化磁性微球可以便捷地对复杂样品中低丰度的富含顺式二羟基的生物分子进行富集、纯化和分离。