本发明公开了一种自平衡装置、无人航行器及其控制系统,包括,第一平衡件,包括第一固定件、横向电池组和纵向电池组,所述横向电池组与所述第一固定件相连接;控制单元,包括监测部件和处理模块。本发明提供的当无人航行器处于水中,通过监测部件先检测无人航行器纵向倾角和横向倾角,并将检测结果传送到处理模块,并通过第一驱动件和第二驱动件分别带动横向电池组和纵向电池组相对于无人航行器位姿的变动,从而快速、有效、简单的调节无人航行器的姿态平衡,且通过电池平衡无人航行器,可节省出外加的平衡物件占用的空间,增大了有效携载容积。