本发明公开了一种pH响应型磁性金属有机框架复合纳米材料及其制备方法与应用,该复合纳米材料由Fe3O4纳米粒子,包覆在Fe3O4纳米粒子表面的高分子层以及生长于高分子层上的金属有机框架构成;高分子层为螯合金属离子的第一聚合物或者由螯合金属离子的第一聚合物和亲水性的第二聚合物组成;金属有机框架是由Fe3+和含有至少一个羧基或者至少两个硼酸基的苯硼酸衍生物通过配位键形成。本发明提供的复合纳米材料,具有较好的磁响应性能,并可以在不同pH环境下可逆的、高选择性的捕获和释放糖蛋白,且pH环境相对温和,避免对糖蛋白活性产生影响。