本发明公开了一种氨基超支化的绿原酸分子印迹磁性纳米球及其制备方法和应用。先合成氨基磁性纳米球;然后将氨基磁性纳米球与丙烯酸甲酯加入到乙醇中,常温搅拌后,再加入乙二胺加热搅拌,得到氨基超支化修饰的磁性纳米球;将氨基超支化修饰的磁性纳米球、绿原酸加入到乙醇中,再加入盐酸多巴胺进行聚合反应;通过外加磁场将反应生成的固态聚合物分离出来,经洗脱、干燥后,即得到目标产物。本发明对载体磁性纳米球进行了氨基超支化,增加了其表面氨基活性基团的数目,以多巴胺为功能单体和交联剂,制备方法简单、条件温和,制得的目标产物粒径均一、稳定性强、水溶性好,可快速实现对复杂基质中绿原酸的高选择性去除和富集。