一种用于可控筛选流体中粒子的微反应器的制备方法,先制造微米级锥形瓶状孔阵列聚合物分离薄膜,通过覆盖工艺获取微米级锥形瓶状孔阵列区域的掩蔽层;再微波处理聚合物分离薄膜,去除掩蔽层;然后实现上聚合物分离薄膜和下聚合物分离薄膜的键合,在分离薄膜微米级锥形瓶状孔阵列区域以外的区域施加压力,得到膜系;在膜系两端安装气控系统,得到微反应器;最后通过调控气控系统的充气和排气的流量以及保持时间,获得微反应器中分离薄膜上微米级锥形瓶状孔有规律的收缩,实现微反应器主动捕获筛选流体中的粒子,本发明制备的微反应器极大提高了微反应器的筛选效率以及适用范围,实现对不同粒子的筛选分离。