本发明提供一种基于混合水平集的三维牙齿建模方法,包括以下几个步骤:1)起始切片的选取和水平集初始化;2)利用先验形状约束能量、基于Flux模型的边缘能量、基于先验灰度的局部区域能量相结合构造的单相混合水平集模型分割牙根层切片图像;3)结合区域竞争约束的双相混合水平集模型分割牙冠层切片图像;4)基于分割轮廓的牙齿三维模型重建。本发明的混合水平集模型能有效克服传统分割模型边缘定位不准确以及无法处理图像灰度不均匀等问题,快速准确地构建出每颗牙齿独立的三维模型,从而为制定口腔修复规划、生物力学分析等奠定坚实的基础。