本发明公开了一种制革用碱性复合脱毛酶制剂及其应用工艺。脱毛剂的组成包括复合脱毛酶和助剂,其中复合脱毛酶的组分构成包括:1‑20重量份的碱性角蛋白酶,1‑10重量份的2709蛋白酶和0.5‑10重量份的脂肪酶。本发明提供的复合脱毛酶制剂,可适合各种常用动物皮、各种用途皮革制造过程中的堆置脱毛法和转鼓(划槽)内有浴脱毛法的脱毛。本发明提供的复合脱毛酶制剂,由于蛋白酶、脂肪酶、糖化酶和助剂间的协同作用,具有理想的脱毛效果,解决了现有技术的脱毛酶制剂酶脱毛时间长,胶原蛋白损失大,安全性差,易造成革的粒面破坏、革空松,毛不能完全去除等技术问题,从根本上消除了硫化物的污染,同时酶法是保毛脱毛,提高了回收毛的再次利用价值。