本发明公开了一种特异性DNA甲基化谱其建立方法及应用,属于生物工程技术领域,以动脉粥样硬化患者和与之匹配的正常人的血液标本为研究对象,提取血液中单个核细胞的DNA和RNA,同时筛选与动脉粥样硬化相关的基因,用巢氏降落式甲基化特异性PCR的方法检测血液中单个核细胞多个基因启动子区CpG岛甲基化的改变,以高频率的基因CpG岛甲基化事件作为一种表遗传学标志,建立了由ABCA1、ACAT1、TIMP‑1三个基因组成的动脉粥样硬化特异性疾病DNA甲基化谱。该方法简单易行,取材方便,灵敏度和特异性均与影像学诊断的结果高度吻合,在动脉粥样硬化性疾病的早期诊断与预后评估中具有极大的应用价值。