本发明提供了一种生物催化法制备4-氰基-3-羟基丁酸乙酯的两种高光学活性对映体的方法,该方法采用的微生物菌株为Klebsiellapneumoniae Phe-E4或Bacillus pumilus Phe-C3进行催化,用Klebsiellapneumoniae Phe-E4菌株进行生物催化所得到的产物为(S)-4-氰基-3-羟基丁酸乙酯,用Bacillus pumilus Phe-C3进行生物催化所得的产物为(R)-4-氰基-3-羟基丁酸乙酯。采用该方法得到的产物底物转化率可达98%以上,能得到高光学纯度的手性产物,并且反应专一性强,副产物少,后处理简单,具有很好工业应用开发前景。