本发明提供一种基于动力学模型的机床主轴轴承配合间隙设计方法,包括:1)将机床主轴结构简化为轴承‑转子系统;2)建立机床主轴的动力学模型;3)在动力学模型基础上,计算主轴轴承外圈与轴承座在不同配合间隙下,主轴转子径向位移振动响应;4)绘制主轴转子径向位移振动信号的极坐标图,用最小二乘圆法衡量主轴转子径向回转误差;5)根据主轴轴承外圈与轴承座的不同配合间隙与主轴转子径向回转误差的关系曲线,指导主轴轴承外圈与轴承座配合间隙的设计;本发明定量考虑了主轴轴承外圈与轴承座配合的间隙值对主轴转子径向回转精度的影响,为机床主轴的安装配合提供技术指导,对提高机床主轴回转精度提供了一种有效技术。