本发明公开了一种适合水生生态重建的底泥钝化系统,其包括由下至上依次设置在一起的下层、中层和上层,其中,下层为矿化物粉末层,中层为具有弹性的多孔性连续材料层,上层为多孔洞高强度材料层。采用上述方案后,本发明的底泥钝化系统采用生态型底泥钝化技术,与传统底泥钝化及底泥封闭技术相比,可钝化和疏导绝大多数底泥污染物质,容易清洗抽吸上部积累淤泥,容易随后投放药剂渗入底泥进行进一步的底泥处置,可抵御较强且长期的水流冲刷,可适应底泥压缩、地质变动等不开裂破损,也有利于微生物与水生植物、底栖动物的生存繁殖。本发明的实施工艺为首创,药剂材料均选用已经大自然观察证实安全的物质,该实施工艺也可移植到其他水下工程施工使用。