本发明公开了一种通过时空尺度控制进行投药辅助来实现低污染扩散的生态清淤方法,其首先撒播底泥的缓释稳定剂进入水体,缓释稳定剂包括A组分和B组分;A组分的主料为硝酸铁、硝酸铝,B组分的主料为弱碱性矿物,使用时先将A组分投入水下,0-12小时后一次或分批投入B组分,A组分的主料与B组分的主料的重量比控制在1:0.5-1:5;当底泥达到稳定状态时,开始抽吸或挖掘底泥,在抽吸或挖掘底泥的同时在施工设备附近向水中撒播絮凝剂,使含有铝铁胶体的污泥迅速絮凝被抽吸。与现有技术相比,本发明方法的优势在于:1、清淤时无明显的悬浮物出现,底泥间隙水被大部净化,不易造成水体污染。且清淤后的底泥稳定性好且较为致密,更易处置。2、使用该方法成本无明显上升。