本发明公开一种适合北方多藻类海参圈养殖的海胆苗种培育方法,按照以下步骤进行:每年的三月初,采捕规格均大于50克/枚马粪海胆和虾夷马粪海胆,将两种海胆在育苗室内同步升温促熟,并按照马粪海胆10℃、虾夷马粪海胆18℃恒温培育,控制两种海胆的积温,让两种海胆的成熟标准时间差控制在1±3天的范围内,在五月初,两种海胆的积温达到标准时后,利用虾夷马粪海胆作为父本,马粪海胆作为母本,进行杂交育苗,并在稚胆附着后通过投喂人工饲料的方法缩短海胆的培育时间,在十月份,稚胆的胆径达到1cm以上时,进行池塘养殖,养殖过程中利用海藻作为饵料,池塘养殖18个月后,即可进行采捕并上市出售。