本发明公开了一种黄芩苷纳米结晶,包括原料和辅料,原料为黄芩苷。其制备方法为:(1)将稳定剂分散在水中得到体系A;(2)将黄芩苷分散在其良溶剂中得到体系B;(3)将体系B在高速剪切作用下分散于体系A中,得到纳米混悬液C;(4)纳米混悬液C经高速离心后,弃去上清液,加少量体系A重新高速剪切分散得到浓混悬液D;(5)取步骤(3)所得的纳米混悬液C或步骤(4)所得的浓混悬液D,加入保护剂后经干燥即得黄芩苷固态纳米结晶。本发明克服了黄芩苷难溶于水的缺陷,与原料药相比,所制得的黄芩苷纳米结晶的饱和溶解度得到了显著提高。