本发明提供了一种扫描离子电导显微镜的片上化控制器及控制方法,将扫描离子电导显微镜控制系统所需要的主要逻辑功能模块,集成在一片可编程逻辑器件上,使控制系统由传统的板级系统设计转换到芯片级的系统设计,本发明用于扫描离子电导显微镜成像的控制,以芯片级的系统设计、模糊自适应PID控制的精确优化,提高控制系统的电磁干扰性和信号完整性,保证了控制系统的精度的要求,改善了成像质量。可编程片上化控制系统,以单芯片、低功耗、微封装等特点,有效的减少了PCB上IC芯片的数量,进而显著的提高控制系统的电磁干扰性和信号完整性,保证了控制系统的精度的要求。