公开了一种频谱塑形主动控制方法及其主动控制系统,频谱塑形主动控制方法包括振源经由初级通道发出初级信号和次级振动经由次级通道发出的次级信号在观测点处的物理加法器叠加以产生残余振动信号,目标信号发生器基于目标频率产生目标信号,并将其与残余振动信号的估计在第三信号加法器处求差,获得伪误差信号;将滤波的正交谐波信号向量和伪误差信号输入自适应机构以调整更新控制器的系数,本方法及系统可以分别独立控制残余振动不同频率分量的幅值和相位,可以注入初级噪声不含的频率成分,并控制它的幅值和相位,谐波发生器包含的幅值补偿可以提升系统的收敛性。