本发明公开了一种基于数据建模的蒸汽喷射器灭菌动态矩阵控制方法,以生物制药过程中以蒸汽喷射器对物料加热灭菌控制过程为对象,以蒸汽在喷射器入口处流量为控制量,物料和蒸汽混合后在喷射器出口处温度为被控制量,以喷射器物料入口温度、物料流速、喷射器蒸汽入口温度为扰动量;该方法根据工业运行数据建立系统模型,并基于所获得的模型通过系统辨识得到控制量阶跃响应及扰动量的阶跃响应;基于系统阶跃响应建立动态矩阵,并实现控制器的设计进行预测控制;本发明控制方法简单,分析过程和控制器设计基于工业过程数据,减少了分析和设计过程对灭菌设备和相关工艺环节的依赖,在工程上较易实现应用。