本发明公开了一种利用复合微生物菌剂净化海水养殖废水的方法,包括如下步骤:1)筛选复合微生物菌剂:由光合细菌、硝化细菌、反硝化细菌、产朊假丝酵母、嗜酸乳酸菌以及芽孢杆菌组成复合微生物菌剂;2)复合微生物菌剂采用培养基活化:在培养基中按1%接种量(w/v)直接投加上述菌种,在37℃摇床150rpm下活化菌种24h,使微生物总含量为7×108~9×108CFU/mL;3)活化后的复合菌剂投菌量按所处理养殖废水0.6‰~1.2‰比例进行投加。本发明对养殖动物无毒害,工艺简单,降解有机物速度快、效果明显,无药物残留问题,不造成二次污染。因此,本发明的方法具有经济可行性,适应于沿海养殖行业的推广使用。