本发明公开一种在沙蚕体内人工定植功能性细菌菌群的方法,其特征在于:所述的方法包括以下步骤:人工培育大规格沙蚕苗种,苗种规格达1cm以上,经筛选、分离、摇瓶、发酵步骤获得高密度功能性细菌菌群,将细菌菌群和水按照1:1-5的比例进行稀释,然后与粉状饲料、液态细菌葡萄糖培养基进行混合,粉状饲料与细菌菌群稀释液的质量比为1.5-2:1,液态细菌葡萄糖培养基是细菌菌群稀释液体积的10-20%,取上述的混合物投喂沙蚕苗种,日投喂量为沙蚕苗种体重的10%。这是一种能够在沙蚕体内进行人工定植功能性细菌菌群,将这类功能性细菌菌群带入海底,以其进行海底污染修复的方法。