本发明从南方红豆杉的幼茎中分离得到一株可产生紫杉醇的内生真菌菌株,其分类命名为葡萄座腔菌J11(Botryosphaeria?dothidea?J11),保藏于中国典型培养物保藏中心,菌种保藏号为CCTCC?NO:M2013591。本发明还涉及了一种应用所述的保藏菌株生产紫杉醇的方法,其包括在培养基中培养所述的保藏菌株以使在所述菌株菌丝内产生和聚集紫杉醇,以及从所述细胞内中回收并提纯紫杉醇。本发明为利用微生物发酵生产紫杉醇提供了新的菌种,通过该菌株发酵生产紫杉醇的周期短,成本低,其摇瓶发酵的紫杉醇的产量经HPLC分析检测,达到617.6μg/L,有应用于工业化生产的潜能。