本发明公开了一种GNSS/MEMS组合导航系统中的气压计在线校正方法,在卫星信号质量可靠时估计高度,并利用基于卫星伪距测量值残差的稳健位置误差估计方法估计高度误差,根据GNSS的高度估计值实时校正更新基准气压估计值来校正MEMS气压计,并利用基准气压估计值来辅助GNSS/MEMS组合系统提高高度估计值的精度。利用卫星伪距测量值残差,对其采用绝对中值偏差的算法稳健估计残差的标准差,来估计测量值误差的标准差。利用测量值误差的标准差和位置误差之间的比例关系估计GNSS接收机位置误差的方差。利用GNSS的结果,同时估计基准气压值和基准气压误差的方差。实时更新基准气压的误差水平,并和最新的GNSS高度误差水平进行对比,得到精度最高的基准气压估计值。