本发明公开了一种天然蓝色素对织物染色的方法,包括以下步骤:用菌种发酵蓝色素,得到发酵液,然后提取蓝色素,得到蓝色素粉剂;将蓝色素粉剂和水配制成染液,将染液升温至35~45℃,将织物置于染液中保持10~20min,之后加入氯化钠保持10~20min,再以0.5~5℃升温至75~85℃,加入纯碱,在75~85℃保温30~60min,然后降温,通过冷水洗和烘干后,完成织物的染色。本发明中提取蓝色素,蓝色素作为微生物发酵产生的天然色素,在染色的同时又赋予了纯棉织物抗菌性能,色泽明亮鲜艳,具有良好的耐摩擦色牢度。本发明染色方法,易于操作和实施,易于工业化生产,具备广阔的应用前景。