本发明公开一种应用于高盐度废水(如海水养殖废水、水产品加工废水等)生物脱氮的耐盐型厌氧氨氧化反应器的启动方法,是将接种污泥置入厌氧氨氧化反应器中,接种污泥中MLSS为1.65~69.12g/L、MLVSS为0.687~21.33g/L,运行条件:厌氧,温度33±0.5℃,HRT为2天,进水中NH4+-N与NO2--N浓度均为60~70mg/L,连续培养至出水NH4+-N与NO2--N浓度均低于10mg/L;将进水中NH4+-N与NO2--N浓度均提高为70~160mg/L,HRT为1~1.5天,连续培养20~50天后,用海水调节进水盐度依次为5g/kg,10g/kg,15g/kg,20g/kg,25g/kg,30g/kg,全海水(32g/kg)并分别对每个盐度连续培养至出水NH4+-N与NO2--N浓度均低于20mg/L。