本发明公开了一种灵菌红素的提取分离方法,该灵菌红素的提取分离方法包括:选取实验室优化的菌种,经斜面活化后接入种子培养基,进行发酵培养;提取灵菌红素:取发酵液,离心,加入适量酸性丙酮,超声提取,用旋转蒸发器旋转蒸干得到丙酮粗提物,用石油醚进行脱酯;利用薄层层析的方法来进行硅胶柱层析前的预实验,通过改变配比进行多次试验,得到最好的溶剂配比;进行柱层析;进行二次柱层析分离纯化。本发明的先离心,去掉含灵菌红素较少的上清液,用酸性丙酮对菌体进行粗提取,选择常用的硅胶柱层析来进行精分离,采用氯仿-乙酸乙酯溶剂系统和氯仿-乙酸乙酯-甲醇的溶剂系统梯度洗脱,分离得到灵菌红素及未知物质,分离纯度高。