本发明公开了一种树脂吸附原位分离并耦合发酵生产灵菌红素的方法,该方法包括以下步骤:采用二级发酵进行灵菌红素的发酵培养:首先进行平板活化,其次进行种子培养,最后扩大培养;针对上样量、吸附液pH、吸附时间、吸附温度进行单因素试验,并测定吸附率;根据单因素试验确定的正交试验的试验因素进行正交试验。本发明以筛选出高产红色素菌株为出发菌株,采用研究团队优化好的培养基进行摇瓶发酵,筛选最优的吸附树脂,通过单因素和正交试验设计,进行树脂对灵菌红素吸附性能的考察,并确定最佳的吸附条件,为灵菌红素的发酵分离耦合提供了依据。