本发明提供了一种用于以甘油为底物发酵生产1,3‑丙二醇的微生物混合菌群及发酵方法,该微生物菌群以丁酸梭菌为主(95%以上),另含有梭菌属菌株和乳杆菌属菌株组成的混合共生菌(5%以下),混合共生菌中所述梭菌属菌株和乳杆菌属菌株的有效活菌数的比例为1.50~4.99:0.01~0.05。相较于单菌发酵,该微生物混合菌群发酵稳定性好,生物安全性高,具有粗甘油底物耐受性高、生产强度高、生产过程无需灭菌等优势,为1,3‑丙二醇工业化生产提供了新的发酵模式。以粗甘油为底物的批式流加发酵中,1,3‑丙二醇浓度可达79.78g/L,摩尔转化率为0.65mol/mol,生产强度为3.32g/(L·h)。