本发明公开了一种代谢组学细胞快速取样淬灭仪,其特征在于:包括可收集细胞培养物的过滤转筒,所述的过滤转筒包括过滤吸干区,细胞洗涤区和卸料区,所述的过滤吸干区和细胞洗涤区分别与真空管相连接,所述的卸料区与压缩空气管连接,在所述的细胞洗涤区外侧设有细胞洗涤溶液喷头,在所述的卸料区外设有可将过滤转筒上细胞培养物刮下的冷冻刮刀,所述的冷冻刮刀一端浸没在冷冻源中。本发明的目的是为了克服现有技术中的不足之处,提供一种结构简单,能自动化地完成取样、洗涤、淬灭全过程操作,便于将取样淬灭过程时间控制在尽可能短的范围内的代谢组学细胞快速取样淬灭仪。