本发明公开了一种清真肉类食品的分子鉴定方法,该清真肉类食品的分子鉴定方法包括:取将待检测样品25mg,使用通用型柱式基因组提取试剂盒提取基因组DNA,操作步骤中Proteinase K消化时,采取过夜处理,消化时间10个小时以上;使用设计的引物16SA-SB-ZNYF和16SA-SB-ZNYR,对提取的DNA进行PCR扩增,PCR反应程序94度4min,94度30s,53度30s,72度1.5min,72度10分钟;然后将扩增产物,交生物测序公司使用3730测序仪测序;将测序产物与给出的序列联合,使用Clustalx软件进行比对,并构建NJ树,鉴定是否有猪肉狗肉和驴肉的非清真成分存在。本发明针对猪肉新设计了专用扩增引物,可以高效率扩增猪肉DNA,即使食品中含有微量猪肉、狗肉或驴肉DNA也可以被识别,可以准确区分出猪肉、狗肉或驴肉成分。