本发明提供一种用于白花蛇舌草遗传多样性分析的ISSR分子标记方法,属于分子生物学技术领域。该方法选用四条背景清晰、扩增效果好和多态性高的引物,利用ISSR‑PCR反应扩增所述白花蛇舌草基因组DNA,根据ISSR‑PCR结果,分析条带,建立白花蛇舌草的DNA指纹图谱,构建白花蛇舌草的遗传资源数据库。本发明为白花蛇舌草品种鉴定以及遗传多样性分析建立了新的方法,有效解决前人在遗传标记数据库构建中,库的代表性差的问题;也解决了已有标记技术在白花蛇舌草遗传资源方面的不足,具有多态性高、重复性好、费用低、检测程序简单和不受环境影响的优点。