本发明公开了利用红麻细胞质雄性不育系配制综合杂交种的方法,具体步骤如下:1)用红麻细胞质雄性不育系为母本,与其相应雄性不育保持系杂交繁殖细胞质雄性不育系;用细胞质雄性不育系为母本,与恢复系杂交,组配F1代杂交种;再以F1代杂交种为父本,以其母本细胞质雄性不育系为母本杂交,以构建永久分离群体;2)将若干永久分离群体混合种植,选相对一致的不育单株归为一个群体得到基础群体若干;3)各群体自由授粉,经若干世代,将各群体中无分离的株系合并,得到遗传平衡群体若干;4)鉴定遗传平衡群体,选择符合育种目标的群体即为综合杂交种。本发明组配的综合杂交种可多世代利用,农民不需每年购买杂交种子,降低了红麻种植成本。