本[发明专利]公开了一种用于防治动物腹泻的微生物制剂,包括:蒙脱石复合物4‑10份、噬菌体液0.1‑3份、嗜酸乳杆菌粉0.5‑5份、粪链球菌粉0.1‑3份,其中,蒙脱石复合物由下述方法制得:将60‑80%蒙脱石纳米粉、10‑30%甘草和5‑15%石榴皮加水混合,煮沸0.5‑2小时,然后将混合物进行干燥处理,最后将混合物磨成粉末状。相应的,本[发明专利]还公开一种制备上述微生物制剂的方法。采用本[发明专利],所述微生物制剂中的噬菌体易于突破机体免疫屏障,协同制剂中的益生菌和草药成分,可以预防和治疗机体内相应原核和真核细胞型微生物所致的感染性肠道疾病,可以预防和治疗过敏性腹泻,且能减缓动物源性耐药菌的产生。