本发明公开了一种利用改性的MCM-41分子筛吸附分离硼同位素的方法,包括步骤:采用端基含缺电子官能团的化合物对MCM-41分子筛进行改性,获得包含缺电子官能团的MCM-41分子筛吸附剂;将所述MCM-41分子筛吸附剂填筑于吸附柱中;将硼酸采用水或有机溶剂溶解后得到硼酸溶液注入到所述吸附柱中进行过柱淋洗;在所述硼酸溶液中,富集10B的具有四面体结构的B(OH)4-与包含缺电子官能团的MCM-41分子筛吸附剂结合,吸附于所述吸附柱中;11B存在于具有平面三角形结构的B(OH)3中随着硼酸溶液从所述吸附柱流出,实现硼同位素的分离。