本发明涉及一种生理信号质量评估系统,包括:第一滤波模块,对输入的第一生理信号进行滤波处理;第一周期检测模块,对滤波处理后的第一生理信号进行周期检测,获取第一生理信号的周期分割点;特征提取模块,对第一生理信号在每个周期内提取相应的信号特征;模糊推理模块,根据所述提取相应的信号特征构建模糊推理模型,并根据所述模糊推理模型计算所述第一生理信号在相应周期的信号质量指数值,以及根据所述信号质量指数值判断出信号属性。此外,还涉及一种生理信号质量评估方法。上述生理信号质量评估系统及方法,计算信号质量指数值,根据信号质量指数值判断出信号的属性,识别出第一生理信号中的异常信号,从而获取高质量的生理信号。