本发明提供一种顾及空间信息的植被指数时间序列数据重建方法,包括S1、NDVI数据的数值转换;S2、建立冰/雪和云掩膜文件;S3、替换冰/雪覆盖像元NDVI值;S4、生成年际NDVI时间序列数据;S5、土地覆盖数据预处理;S6、对NDVI时间序列数据进行空间域处理;S7、对NDVI时间序列数据进行时间域处理。本发明的植被指数时间序列数据重建方法,充分利用冰/雪和云掩膜文件,从时间维和空间维两个角度NDVI对时间序列进行重建,通过上述方法不仅可以有效去除云、冰/雪对NDVI数据的影响,并且重建后的时间序列在最大程度上保留了植被的变化信息,弥补了当前技术方法的不足。