本发明公开了一种采用二分法对硅通孔进行故障检测的方法和系统,所述方法包括:预先根据故障硅通孔的分布对测试区域进行划分,将测试区域划分为中心区域、边缘区域和不合格区域;对硅通孔进行分组,每组包括有数个硅通孔,依次将测试用探针接触每组硅通孔,检测各组硅通孔的阻抗和容抗特性,并分析各组中是否有故障硅通孔,以及判断故障硅通孔所处测试区域;采用二分法对中心区域有故障硅通孔的组进行重新检测,移动探针位置进行定位测试,定位故障硅通孔的位置。本发明可以探测面积小的硅通孔的故障情况,节省了工艺难度与成本。与探针逐个对硅通孔测试相比,大幅提高了测试效率,同时解决了硅通孔在面积非常小时无法用探针探测的情况。