本发明提供了一种聚合物微控芯片及其溶剂辅助热键合方法。该溶剂辅助热键合方法包括以下步骤:将环烯烃共聚物盖片和/或带有微通道结构的基片置于混合溶剂中浸泡10~40min,取出,使用氮气吹干表面;其中,所述混合溶剂由环烯烃共聚物的良溶剂和不良溶剂组成,所述良溶剂为所述混合溶剂体积分数的5~40%;将浸泡吹干后的环烯烃共聚物盖片与带有微通道结构的基片对准贴合,放入压印机中进行热键合,制得聚合物微控芯片。该本发明采用特定的混合溶剂侵泡溶胀环烯烃共聚物盖片和/或基片,达到部分溶胀以降低玻璃转化点又不产生溶剂残留,制得的聚合物微控芯片微通道结构完整,且键合强度高,保障了人体健康。