本发明提供了一种基于GPU的并行心电信号分析方法,所述方法包括:通过长间期伪差剔除和短间期伪差剔除对心电信号进行滤波处理;通过R波位置提取、QRS波群起止位置提取及QRS波群宽度提取对滤波处理后的所述心电信号进行QRS检波;通过创建模板对QRS检波后的所述心电信号进行异常波形分类;其中,所述长间期伪差剔除、所述短间期伪差剔除、所述R波位置提取、所述QRS波群宽度提取及所述创建模板中至少有一个通过GPU设备端的多个线程并行执行,所述线程通过其唯一对应的索引号读取并处理其所对应的数据。本发明通过在GPU上并行执行心电信号分析中的一个或多个步骤提高心电信号分析的速度。