本发明涉及一种腔体滤波器的自动调谐方法和系统,其控制机械执行机构执行调谐动作并将实际滤波波形与预设的调谐参数中的目标滤波波形进行对比,若实际滤波波形符合要求,则完成调谐,若实际滤波波形不符合要求,则重复执行调谐动作,并从重复执行的调谐动作中选取一系列实际滤波波形接近目标滤波波形的调谐杆高度,并采用粒子寻优算法获得最优的调谐杆高度,其中最优的调谐杆高度对应的实际滤波波形符合要求;依最优的调谐杆高度控制机械执行机构执行调谐动作,并将最优的调谐杆高度及对应的实际滤波波形加入到预设的调谐参数中,由此系统能够进行自动化调谐,且调谐过程中可以不断的更新调谐参数,能够适应小批量多品种的滤波器的调谐。