本发明提出一种多模态医学影像配准方法,其基于虚拟仿真技术,包括如下步骤:步骤S11、分别获取MRI影像和真实的超声影像;步骤S12、对MRI影像进行手动阀值分割,得到各个组织器官的对应直方图;步骤S13、根据直方图确定各个组织器官的阻抗值;步骤S14、利用阻抗值仿真计算超声影像,得到虚拟仿真的超声影像;步骤S15、对虚拟仿真的超声影像和真实的超声影像进行相似性测量,得到测量值;步骤S16、根据测量值对步骤S14中的参数进行优化,直到测量值达到设定的阀值范围,即完成影像配准。所述多模态医学影像配准方法可将多模态影像配准转化同模态影像配准,实现快速、准确、鲁棒的影像配准。