本发明适用于多图谱融合系统,提供了一种多图谱融合方法、系统及医疗设备,所述方法包括:对多组图谱图像和目标图像进行配准;将配准的多组图谱图像和目标图像对应的划分成子块区域;计算目标灰度图像的每一子块区域与每幅图谱灰度图像中对应的子块区域的局部相关度;在每一子块区域对应的局部相关度结果中,选取相关度值位于前X位的图谱灰度图像,其中,所述X为正整数;根据所述位于前X位的图谱灰度图像对应的图谱标识图像,对目标灰度图像的每一子块区域进行融合;将每一子块区域的融合结果进行整合,得到目标图像的融合图像。本发明由于充分考虑了配准效果好的图谱局部信息,可以达到更加精确,快速的分割效果。