本发明适用于医学图像处理领域,提供了一种CT图像肝脏分割的处理方法及系统。所述方法包括以下步骤:获取待分割图像;通过肝脏灰度体积和肝脏灰度先验从所述待分割图像中自动定位出肝脏位置;利用旋转配准及低自由度B样条配准提取初始肝脏组织;结合距离图以及初始提取的肝脏组织探测是否存在有肝肿瘤组织;利用肝脏分布概率图谱和基于互信息的B样条配准精细分割出肝脏。本发明整个分割过程无需任何人工干预,分割的平均肝脏体积误差≈7.0%,能够为肝脏的三维重建及最终的仿真手术模拟提供比较精确的数据,具有一定的临床应用价值。