本发明公开了一种灌溉系统发达区湖泊氮磷污染负荷模拟方法,方法步骤如下,(1)研究区灌溉和排水系统分析;(2)SWAT模型构建与校准,模型输入数据准备及格式化处理,模型校准和验证;(3)总氮、总磷计算。与现有技术相比较,本发明在分析研究区灌溉和排水系统的基础上,通过收集整理DEM、土壤、气象、土地利用等多项资料并进行格式化处理,完成SWAT模型的构建,结合研究区内水文站点多年实测径流数据对模型进行校验,最后根据SWAT模型对非点源污染的迁移转化过程和原理,计算湖泊总氮、总磷污染负荷,实现对灌溉系统发达区湖泊氮磷污染负荷进行模拟分析。可广泛应用于灌溉渠系发达区湖泊氮磷污染负荷模拟计算。